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医院污水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒(见水的消毒、废水氧化处理法)。
医院排出的放射性废水常用贮存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因此可以将放射性污水贮存于地下专用衰变水池内,贮存时间为10倍于半衰期,把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。中国的《放射性防护规定》要求每一微居里放射性同位素达到容许排放浓度需稀释水量1.67米3。当放射性污水浓度很高,放射性的半衰期很长，不宜用贮存法和稀释法处理时，可用蒸发法、离子交换法或凝聚沉淀法进行分离浓缩处理(见放射性废水处理)。
医院污水处理过程中排出的污泥按每张病床计，每天平均为0.7~1升，含水95%，含有污水中病原体总量的70~80%，必须进行消毒处理。消毒方法有加热消毒、化学药剂消毒、γ射线消毒等。加热消毒的热源通常为蒸汽、电能或生物能(高温堆肥)，有的地区可以用太阳能。或者用焚烧法处理(见污泥焚烧)。化学药剂消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性钠等。用漂白粉或液氯时,有效氯用量约为污泥量的2.5%。用碱性药剂时，污泥的pH值达到12后，保持半小时以上，效果。γ射线消毒可用60钴或一些裂变产物的混合物作辐射源，辐射剂量为20~30万伦琴。用此法对污泥消毒不产生臭气，并可改善污泥的脱水和沉降性，但费用较高。
由于污水处理是利用微生物的合成、分解、反应作用,因此微生物培养直接影响整个处理系统的效果,生活污水其可生化性好,培养相对比较容易,具体步骤如下：
1、按正常操作步骤注满接触池。
2、启动风机,对池内污水进行曝气充氧连续运行6-8小时、停止3-5小时,排掉1/3上清液。
3、重新进水,继续曝气充氧6-8小时,停止3-5小时。
4、如此往复运行,每天进水时间相对延长,经过7-15天后,池内出现明显絮状体或上清液透时，表明生物菌基本培养成功。
5、同时也可观察接触池内填料情况,如填料上长出橙黄或橙黑色的一层膜即已培养好生物膜，此时出水清晰,感观较好,此时微生物驯化基本完成,设备可转入正常运转。
6、微生物的驯化需较长时间,如有现成的活性污泥,则尽量用现成的活性污泥,这样可加快生物膜的形成。
齐齐哈尔一体化生活污水处理设备结构材料说明
Ⅰ、设备本体
设备本体采用钢制结构防腐。（钢材厚8mm）
Ⅱ、管道
采用UPVC工程塑料，具有耐腐蚀、抗老化、使用寿命长等特点。
Ⅲ、水泵
选用WQ系列抗堵塞、撕裂型潜污泵，具有质量轻、使用寿命长等特点。
Ⅳ、风机
HC系列回转式风机，主机为原装进口。
风机置于特制风机房内，由于该风机装备有消声器及减震装置，其噪声低于65dB。
Ⅴ、自控
1、自动控制两台水泵的开、停，当超警界水位时，设置溢流直排管，低于起动液位自动停泵。
2、风机连续运行，当污水断流时，风机自动间歇运行。
3、电磁阀的自动定时空气提泥。
该控制柜主机PC机采用产品，交流接触器、热继电器采用3TB、3TF、3DA系列产品，该控制柜有过流、缺相、过压、欠压等故障的自动报警功能，同时具有“五防"功能。
Ⅵ、填料
填料型状为柱状结构，比表面积大，易安装。在运行过程中，内外形成不同的生物相，能适应不同的细菌生长。使用寿命达10年以上。
Ⅶ、曝气系统
曝气微孔曝气器，该曝气器材质为刚玉，使用寿命长；整体结构采用圆形结构，所受张力比盘式曝气器大为减小；同时采用先导气槽结构，曝气组件无浮力；开孔均匀，数量多；各曝气器采用ABS连接紧固件，接口不易漏气，拆卸方便。
